বইটির মূল প্রতিপাদ্য বিষয়গুলো হলো:

• সমন্বিত শিক্ষা: লেখক আধুনিক বিজ্ঞানের বিষয়গুলোকে ইসলামের মৌলিক বিশ্বাসের সাথে সমন্বিতভাবে তুলে ধরেছেন। এর ফলে শিশুরা বিজ্ঞান শিখতে গিয়ে তাদের ধর্মীয় বিশ্বাস নিয়ে কোনো সংশয়ে পড়বে না।
• গল্পের ছলে বিজ্ঞান: এটি কোনো সাধারণ বিজ্ঞান বই নয়। পাঁচ বন্ধুর বিভিন্ন রোমাঞ্চকর ঘটনা নিয়ে চারটি উপন্যাসের মাধ্যমে বিজ্ঞানের জটিল বিষয়গুলোকে সহজ ও আকর্ষণীয়ভাবে বর্ণনা করা হয়েছে।
• কিশোর উপযোগী ভাষা: বইটির ভাষা সহজ ও সাবলীল, যা কিশোর পাঠকদের জন্য বিশেষভাবে উপযোগী। গল্পগুলো তাদের মনোযোগ ধরে রাখবে এবং শেখার আগ্রহ বাড়াবে।
• ইসলাম-বিদ্বেষ দূরীকরণ: যে সকল মানুষ বিজ্ঞান ও ধর্মকে আলাদা সত্তা হিসেবে উপস্থাপন করে, তাদের এই প্রবণতার কারণে শিশু-কিশোরদের অবচেতন মনে ইসলাম-বিদ্বেষ ঢুকে যায়। এই বইটি সেই ভুল ধারণাকে ভেঙে দিয়ে একটি সঠিক পথ দেখায়।

‘গল্পে গল্পে বিজ্ঞান সিরিজ’ এমন শিশু-কিশোরদের জন্য অপরিহার্য, যারা বিজ্ঞানকে ভালোবাসে এবং একইসাথে তাদের ধর্মীয় বিশ্বাসকে দৃঢ় রাখতে চায়। এটি একটি ব্যতিক্রমী সিরিজ যা জ্ঞান ও বিশ্বাসকে এক সুতোয় গেঁথেছে।