গ্রন্থের মূল বার্তা ও চিন্তার কাঠামো:

• সংশয়ের ক্ষেত্র: লেখক শুরুতেই পাঠকের সেই জিজ্ঞাসা তুলে ধরেছেন: “আচ্ছা, আপনি কি দর্শন বা বিজ্ঞানের ছাত্র? ফলে আপনার মনে ইসলাম সম্পর্কে নানান প্রশ্ন দোলা দিচ্ছে?” এই বইটি সেইসব সংশয় নিরসনের জন্য গৎবাঁধা অধ্যায়ন না করে পাঠযাত্রা শুরু করার আহ্বান জানায়।
• সপ্ত-মূলনীতি: থানভি (রহ.) এই গ্রন্থে মাত্র সাতটি মূলনীতির মাধ্যমে যৌক্তিকভাবে দর্শন ও বিজ্ঞানের ফলে সৃষ্ট সকল প্রশ্ন ও আপত্তির সমাধান করেছেন।
• গভীরতা ও ব্যাপকতা: লেখকের এই সপ্ত-মূলনীতি এতটা গভীর ও ব্যাপক যে, তা কেবল অতীত ও হাল আমলের প্রশ্ন-আপত্তির সমাধানই করবে না; ইসলাম সম্পর্কে ভবিষ্যতে যত প্রশ্ন ও আপত্তি হতে পারে, তারও সমাধান করবে।
• বিশ্বাসের দুর্গ: এই বইটি পাঠকের “চিন্তাকে শানিত করবে” এবং “বিশ্বাসের এক দুর্ভেদ্য দুর্গে নিয়ে যাবে”। এটি ইসলাম ও আধুনিক বিজ্ঞানের মধ্যে কোনো মৌলিক দ্বন্দ্ব নেই—এই সত্যটি প্রতিষ্ঠা করে।

যারা দর্শন ও বিজ্ঞানের কারণে সৃষ্ট ঈমানী সংশয় দূর করতে আগ্রহী, ইসলাম সম্পর্কে উত্থাপিত সকল প্রশ্নের যৌক্তিক ও দালিলিক উত্তর জানতে চান, তাদের জন্য ‘ইসলাম ও বিজ্ঞান’ একটি অপরিহার্য ও মৌলিক গ্রন্থ।